Czy przedsiębiorca musi prowadzić odrębne ewidencje dla SSE i decyzji o wsparciu?

wyrok NSA z 26 marca 2026 r, sygn. II FSK 841/23

Przedsiębiorcy korzystający jednocześnie z zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu od lat mierzą się z pytaniem, czy dla każdego tytułu zwolnienia należy prowadzić osobną ewidencję podatkową. W wyroku z 26 marca 2026 r. Naczelny Sąd Administracyjny odpowiedział przecząco: przepisy wymagają ewidencji pozwalającej prawidłowo ustalić dochód zwolniony i wykorzystanie pomocy publicznej, ale nie nakazują tworzenia odrębnej ewidencji dla każdego zezwolenia SSE i każdej decyzji o wsparciu.
Znaczenie tego orzeczenia wykracza poza technikę księgową. Dotyczy ono sposobu ustalania dochodu objętego zwolnieniem, kolejności wykorzystywania limitów pomocy oraz zakresu obowiązków, których organ podatkowy może wymagać od przedsiębiorcy.

Co rozstrzygnął NSA?

NSA uznał, że z przepisów nie wynika obowiązek prowadzenia osobnych ewidencji dla działalności objętej poszczególnymi zezwoleniami strefowymi i decyzjami o wsparciu. Podatnik ma prowadzić ewidencję w taki sposób, aby możliwe było ustalenie dochodu korzystającego ze zwolnienia oraz kontrola wykorzystania dostępnej pomocy publicznej. Jeżeli jedna ewidencja spełnia te funkcje, samo posiadanie kilku tytułów pomocy nie uzasadnia wymagania dodatkowego podziału.

Sąd podkreślił, że obowiązki podatnika muszą wynikać z ustawy. Nie można ich tworzyć w drodze wykładni tylko dlatego, że bardziej szczegółowy podział ułatwiałby organowi kontrolę. Skoro ustawodawca nie nakazał przypisywania każdego przychodu, kosztu lub składnika majątku do konkretnego zezwolenia albo decyzji, organ nie może konstruować takiego obowiązku poza treścią przepisów.

Jedna ewidencja działalności zwolnionej

Wyrok potwierdza możliwość ujmowania działalności zwolnionej w jednej ewidencji, pod warunkiem, że pozwala ona oddzielić wynik działalności zwolnionej od działalności opodatkowanej oraz umożliwia prawidłowe monitorowanie limitów pomocy publicznej. Nie chodzi więc o rezygnację z rzetelnej dokumentacji, lecz o brak obowiązku sztucznego dzielenia jednego procesu gospodarczego według poszczególnych aktów administracyjnych.

Ma to szczególne znaczenie dla przedsiębiorstw, w których kolejne inwestycje są funkcjonalnie powiązane z dotychczasową działalnością. W takich przypadkach przypisywanie każdej maszyny, kosztu wspólnego lub części dochodu do jednego zezwolenia albo jednej decyzji może być nie tylko pracochłonne, ale również gospodarczo sztuczne.

Chronologiczne wykorzystywanie limitów pomocy

NSA zaakceptował również rozliczanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Oznacza to, że dochód zwolniony może być rozliczany z kolejnymi dostępnymi limitami według chronologii ich uzyskania. Taki mechanizm jest spójny z prowadzeniem jednej ewidencji działalności zwolnionej.

Co z wyroku nie wynika?

Orzeczenie nie zwalnia przedsiębiorcy z obowiązku wykazania, że dochód faktycznie pochodzi z działalności objętej właściwym zezwoleniem lub decyzją o wsparciu. Nie znosi także wymogu wyodrębnienia działalności zwolnionej od działalności opodatkowanej ani obowiązku kontroli limitów pomocy publicznej.
Wyrok nie oznacza zatem, że sposób prowadzenia ewidencji jest dowolny. Ewidencja nadal musi umożliwiać organowi weryfikację podstawy zwolnienia, wysokości dochodu zwolnionego i stopnia wykorzystania pomocy. NSA zakwestionował jedynie obowiązek dalszego podziału działalności zwolnionej według każdego odrębnego tytułu pomocy, jeżeli taki podział nie wynika z ustawy.

Znaczenie praktyczne wyroku

Dla przedsiębiorców posiadających kilka zezwoleń SSE i decyzji o wsparciu wyrok stanowi istotny argument przeciwko nadmiernie formalistycznym wymaganiom ewidencyjnym. Pozwala bronić modelu, w którym działalność zwolniona jest rozliczana łącznie, a limity pomocy wykorzystywane chronologicznie.
Przed zastosowaniem takiego modelu warto jednak sprawdzić, czy zakres działalności wskazany w poszczególnych zezwoleniach i decyzjach rzeczywiście się pokrywa oraz czy prowadzona dokumentacja pozwala wykazać związek dochodu z działalnością objętą zwolnieniem. Szczególnej analizy wymagają sytuacje, w których inwestycje są realizowane w różnych lokalizacjach, dotyczą odmiennych rodzajów działalności albo obejmują różne warunki korzystania z pomocy.

Interpretacje Dyrektora KIS po wyroku

W interpretacji z 14 kwietnia 2026 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.103.2026.1.DW) Dyrektor KIS nie zaakceptował stanowiska podatnika, który chciał prowadzić jedną ewidencję działalności zwolnionej i rozliczać pomoc chronologicznie według kolejności uzyskania zezwoleń SSE oraz decyzji o wsparciu. Organ podtrzymał bardziej formalne podejście, odwołując się m.in. do Objaśnień podatkowych Ministra Finansów z 6 marca 2020 r. i wskazując na potrzebę wyodrębniania działalności objętej poszczególnymi tytułami pomocy. Interpretacja ta pokazuje, że stanowisko KIS w kwestii ewidencji nadal może odbiegać od wykładni przyjętej przez NSA.

Innego zagadnienia dotyczyła interpretacja z 16 czerwca 2026 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.180.2026.1.ZK). Podatnik zapytał, czy dochód z działalności prowadzonej na podstawie wcześniejszego zezwolenia SSE może nadal korzystać ze zwolnienia, gdy w tej działalności wykorzystywane są środki trwałe nabyte w ramach nowej inwestycji objętej decyzją o wsparciu. Dyrektor KIS uznał stanowisko podatnika za prawidłowe. Samo źródło finansowania lub moment nabycia środka trwałego nie przesądza więc automatycznie, do którego instrumentu pomocy należy przypisać cały dochód osiągany przy jego wykorzystaniu. W interpretacji Dyrektor KIS potwierdził, że samo wykorzystanie w działalności strefowej środków trwałych nabytych w ramach nowej inwestycji objętej decyzją o wsparciu nie pozbawia podatnika prawa do zwolnienia wynikającego z wcześniejszego zezwolenia SSE. Organ zaakceptował więc możliwość wspólnego wykorzystywania majątku w ramach jednego procesu gospodarczego, bez konieczności automatycznego przypisywania dochodu do decyzji, na podstawie której dany składnik został nabyty.

Wnioski z interpretacji KIS

Obie interpretacje nie świadczą jeszcze o trwałej zmianie praktyki. Pierwsza dotyczy bezpośrednio obowiązków ewidencyjnych i potwierdza, że KIS nadal może wymagać dalej idącego wyodrębnienia niż wynika to z wyroku NSA. Druga odnosi się do kwalifikacji dochodu przy wykorzystaniu majątku związanego z nową inwestycją, ale przyjmuje mniej formalne podejście: znaczenie ma charakter działalności i zakres zwolnienia, a nie mechaniczne przypisanie każdego środka trwałego do jednego zezwolenia lub decyzji.
Najważniejszy wniosek z wyroku NSA pozostaje jednak jasny: przedsiębiorca nie musi prowadzić odrębnej ewidencji dla każdego zezwolenia SSE i każdej decyzji o wsparciu, jeżeli jedna ewidencja pozwala prawidłowo ustalić dochód zwolniony i monitorować wykorzystanie limitów pomocy publicznej. Dodatkowych obowiązków ewidencyjnych, których nie przewiduje ustawa, nie można tworzyć w drodze wykładni. Rozbieżność między wyrokiem a pierwszą z interpretacji oznacza jednak, że przed zmianą sposobu ewidencjonowania warto ocenić konkretny zakres zezwoleń, decyzji i prowadzonej działalności.

Wsparcie w zakresie PSI

Kancelaria wspiera przedsiębiorców na etapie przygotowania i uzyskania decyzji o wsparciu, w dalszych postępowaniach dotyczących jej zmiany lub realizacji oraz w sprawach przed organami podatkowymi, w tym przy występowaniu o interpretacje indywidualne. Pomoc obejmuje także reprezentację przedsiębiorcy i przygotowanie argumentacji prawnej dostosowanej do konkretnej inwestycji.

Więcej informacji znajdziesz w zakładce „Zakres usług” na stronie: https://adwokat-legierska.pl/zakres-uslug/.